Die Geschichte islamischer Gemeinschaften in China bewegt sich zwischen (kreativer) Anpassung und Abgrenzung zur chinesischen Mehrheitskultur.

Muslime in Nordwestchina übernahmen im Laufe der Zeit Elemente der chinesischen Kultur, wie zum Beispiel den Ahnenkult oder die Verehrung lokaler Geister. Als im 18. Jahrhundert im Zuge einer allgemeinen orthodoxen Wiederbelebung des Islam zwei sufische Strömungen nach China gelangten, lehnte eine der beiden, die Jahriya, jede „Verunreinigung" der ursprünglichen muslimischen Lehre ab. Aufgrund ihrer Unterdrückung rief diese „neue Lehre" (xinjiao) zum „heiligen Krieg" gegen die Ungläubigen auf, der sich 1781-84 in einem ersten großen Aufstand entlud. Die weniger radikale Khafiya hingegen, die sich mit der Qing-Regierung arrangierte, wurde zusammen mit der etablierten, nicht-sufischen Tradition dementsprechend als „alte Lehre" (laojiao) bezeichnet.

Die Gründe für die zahlreichen großen Aufstände von Muslimen im 19. Jahrhundert sind vielfältig. Schon länger wurde die Religionsausübung staatlich eingeschränkt (bspw. der Moscheebau oder Pilgerfahrten nach Mekka). Ebenfalls an der Tagesordnung waren örtliche Konflikte mit der Han-Mehrheit, die häufig zu Gunsten von letzteren entschieden wurden. Die zweite Hälfte des 19. Jahrhunderts war in China eine Zeit gesellschaftlicher Krise - der Qing-Hof war schwach und zahlreiche Aufstände erschütterten das Land. Der größte unter ihnen, die Taiping-Rebellion, forderte allein von 1850-64 ca. 20 Millionen Opfer. Die Taiping-Rebellion inspirierte Sulayman ibn Abd ar-Rahman (Du Wenxiu), der als Führer der Panthay-Rebellion (18956-73) mehrmals die Stadt Kunming belagerte. Nach deren Niederschlagung und im Zuge grausamer Vergeltungsmaßnahmen flüchteten Teile der geschlagenen Truppen nach Burma, Thailand und Laos und bildeten dort die Basis erster chinesisch-muslimischer Gemeinden. Ähnliches gilt auch für die Dunganen, chinesischen Muslimen, die nach einem erfolglosen Aufstand (1862-77) nach Zentralasien (Kasachstan, Usbekistan, Kirgistan) flüchteten.

Insgesamt soll bei der Niederschlagung von Aufständen, die meist mit Pogromen an der Han-Bevölkerung einhergingen, fast die Hälfte der damaligen muslimischen Bevölkerung dabei umgekommen sein. Mit einer Politik der Umsiedlung und Zersplitterung versuchte die Staatsmacht, die Hui-Gemeinden in ihrem Zusammenhalt - und damit in ihrem Unruhepotential - zu schwächen.